De Boomkensstraat staat afgebeeld op de Ferrariskaart uit 1775. In 1763 schrijft men: inde Boomkensstraet ende Biesemstraet, tuschen de Vilstraete en de Boomkensstraet. De naam is dus al veel ouder dan de andere straten in Runkst met namen van bomen. Die werden pas tijdens de jaren 1930 aangelegd.

De straat liep oorspronkelijk van de Kuringerpoort, langs de stadswallen (nu de Schiervellaan) via de huidige Boomkensstraat naar de Sint-Truidersteenweg. Door de aanleg van de spoorwegen en de opeenvolgende stations vanaf 1847 ligt de straat nu nog uitsluitend in Runkst.