Jan Jozef Thonissen was hoogleraar, decaan en minister. Hij werd geboren in Hasselt in 1816. Thonissen studeerde aan de universiteit van Luik en werd in 1838 doctor in de rechten. Hij trouwde in Hasselt in 1842 met Ida Louisa Nagels, zus van advocaat Jules Nagels. Het huwelijk bleef kinderloos.

Thonissen werd substituut-procureur bij de rechtbank van eerste aanleg. Later werd hij arrondissementscommissaris in Hasselt. Toen hij door de toenmalige minister Rogier uit zijn ambt werd gezet, ging hij terug aan de slag als advocaat. Hij verwierf bekendheid door publicaties van zijn artikels over rechtspraak en wetgeving. Vanaf 1948 doceerde hij aan de Katholieke Universiteit van Leuven. Hij was hoogleraar en decaan aan de rechtsfaculteit.

In 1863 stelde Thonissen zich kandidaat voor de parlementsverkiezingen in het arrondissement Hasselt. Hij werd verkozen en ijverde voor een hervorming van de kieswet en de hervorming van het beheer van de kerkfabrieken.

In 1884 werd Thonissen minister van Binnenlandse Zaken en Onderwijs. Hij drukte vooral zijn stempel op de hervorming van het lager onderwijs, dat na de schooloorlog de gemoederen moest bedaren. Hij kreeg echter veel tegenwind op zijn ideeën en begon te sukkelen met zijn gezondheid. Hij nam na drie jaar ontslag als minister.

Jan Jozef Thonissen had een ernstige longaandoening. Hij overleed in Leuven in 1891 op 75-jarige leeftijd. Zijn stoffelijk overschot werd volgens zijn eerder geuitte wens bijgezet op het Hasseltse oud kerkhof. Later werd er in zijn geboortestad een straat naar hem genoemd.