De Broekermolen werd in de 13de eeuw opgericht door de graaf van Loon. De molen lag op de Nieuwe Demer en was de tweede banmolen van de stad. Inwoners van de stad waren verplicht hier hun graan te laten malen, een deel hiervan werd dan geïnd als 'belasting'. Vanaf 1545 werd ze gebruikt als volmolen.

In 1741 werd een houten stellingmolen naast de Broekermolen gebouwd om graan te malen. Deze molen fungeerde vanaf toen als een dubbelmolen.

De molen is tot ongeveer 1850 gebruikt. In 1893 werd het complex eigendom van stad die het vrijwel onmiddellijk voor 5 230 frank verkocht aan de firma Hertz en Wolff. Deze industriëlen lieten de molen afbreken om er de gelatinefabriek op te richten. Restanten van de molen hebben er nog gestaan tot in 1895. Een sluitsteen van de vroegere molen met het jaartal 1742 wordt bewaard in de kelders van het begijnhof.